- Mormonen o. ä. Gruppierungen sind Kirchen oder religiöse Sekten. Da die Freimaurerei weder Kirche, noch Religionsgemeinschaft, noch Sekte ist, hat sie mit diesen Gemeinschaften nicht zu tun.
- Der Illuminaten-Orden wurde 1776 von Adam Weishaupt gegründet und wollte eine geheime Weisheitsschule sein, dessen Struktur sich an den Jesuitenorden anlehnte. Er erlosch bereits 1785. Nach dem 2. Weltkrieg wurde er in Zürich als O.T.O. (Ordo Templi Orientis) wiederbegründet und behauptet, Weisheit und Wissen vieler esoterischer Organisationen zu besitzen. Er hat auch den Ausdruck Loge angenommen. Da die Freimaurerei keine mystischen Geheimnisse hat, besteht keinerlei Verbindung zu den Illuminaten.
- 1616 erschien die Schrift "Chymische Hochzeit des Christiani Rosenkreuz anno 1459". Ob dem Namen Christian Rosenkreutz eine historische Persönlichkeit zugrunde liegt, ist umstritten. Diese und weitere Schriften enthalten neoplatonische, gnostische, kabbalistische und mystische Elemente. Die geistige Alchimie mit der Suche nach dem Stein der Weisen sollte Bewusstseinsveränderungen im Geist der Adepten bewirken. Obwohl man 1787 die Ordenstätigkeit einstellte, wurde mehrfach eine Neubelebung versucht, zuletzt 1915. Dieser Alte Mystische Orden Rosae Crucis (A.M.O.R.C.) und weitere Zweige nach dem zweiten Weltkrieg versuchen, in strengen Regeln die Suche nach dem Stein der Weisen fortzuführen. Da diese rein esoterischen Elemente nicht dem Geist der Freimaurerei entsprechen, bestehen nicht die geringsten Beziehungen zwischen Freimaurerei und Rosenkreuzern.
- Eine Verbindung zu den Scientologen ist von den Freimaurern nicht erwünscht. Die Scientologen sind im deutschen Verständnis keine Kirche.
Historisch gehörte es durchaus zum Zeitgeist, in solchen (geheimbündlerisch erscheinenden) Organisationen parallel Mitglied zu sein. Beispielsweise sagt man dies J. W. von Goethe oder dem Musiker Claude Debussy nach.
